Middlesbrough Football Clubin perustivat Middlesbrough Cricket Clubin jäesenet vuonna 1876. Noihin aikoihin oli tapana pelata jalkapalloa aikana, jolloin krikettikausi oli tauolla. Vuonna 1889 Middlesbroughista tuli ammattilaisseura, mutta se palasi amatöörijoukkueeksi vuonna 1892. Vuonna 1899 siitä tuli jälleen ammattilaisseura. Middlesbrough nousi Englannin 1. divisioonaan kauden 1901–1902 päätteeksi[1].
1980-luvulla seura kärsi pahoista taloudellisista ongelmista, ja se putosi 3. divisioonaan. Pelastajaksi tuli paikallinen liikemies Steve Gibson, joka palautti seuran talouden tasapainoon. Gibson nauttii tämän johdosta suurta suosiota seuran kannattajien keskuudessa. Gibsonin aikakaudella Boro kävi pelaamassa kaksi kautta korkeimmalla sarjatasolla, 1988–1989 ja 1992–1993, ennen kuin vuonna 1994 joukkueen pelaaja-manageriksi palkattiin entinen Englannin maajoukkueen kapteeni Bryan Robson. Robsonin kaudella joukkueeseen palkattiin lukuisia uusia huippunimiä, kuten italialaistähti Fabrizio Ravanelli sekä pienikokoinen brasilialainen maajoukkuepelaaja Juninho. Heti Robsonin ensimmäisellä kaudella Boro nousi Valioliigaan, mistä se putosi kauden 1997 päätteeksi. Samana vuonna se myös pelasi sekä FA Cupin että Liigacupin finaaleissa, mutta hävisi molemmat. Seuraavan kauden päätteeksi se nousi takaisin liigaan.
Robson lähti kauden 2000–01 päätteeksi ja hänen tilalleen tuli Steve McClaren. Joukkue jatkoi tasapainoisia otteitaan ja voitti 2003–2004 Liigacupin loppuottelussa Boltonin. Kaudella 2005–2006 joukkue eteni toukokuussa Eindhovenissa Hollannissa pelattuun UEFA Cupin loppuotteluun, jossa se hävisi espanjalaiselle Sevilla FC:lle lukemin 4-0.
Kauden 2008–2009 päätteeksi Middlesbrough putosi takaisin Mestaruussarjaan kymmenen vuoden pääsarjarupeaman jälkeen.