Alajärven alue kuului 1200-luvulta lähtien Pietarsaaren seurakuntaan. Vuodesta 1637 asti se oli osa Lappajärven kappeliseurakuntaa aina vuoteen 1751 asti, jolloin muodostettiin Alajärven kappeliseurakunta. Kun Lappajärvestä muodostettiin 1812 itsenäinen seurakunta, toimi Alajärvi sen kappeliseurakuntana aina vuoteen 1859 asti, jolloin siitä keisarillisen senaatin päätöksellä tuli itsenäinen kirkkoherrakunta. Ensimmäisen oman kirkkoherran, Jonatan Johanssonin, seurakunta sai kuitenkin vasta 1877. Aluksi seurakuntaan kuuluivat myös Soini ja Lehtimäki, jotka itsenäistyivät myöhemmin omiksi seurakunnikseen, Soinin seurakunta 1895 ja Lehtimäen seurakunta 1917.[3] Vuonna 2009 Lehtimäki yhdistyi uudelleen Alajärveen, toimien siitä lähtien sen sisällä Lehtimäen kappeliseurakuntana.[4] Vuodesta 2016 lähtien seurakunnan kirkkoherrana on toiminut Ari Auranen.[5]
Toukokuussa 2022 Kirkkohallitus päätti lakkauttaa Lappajärven ja Vimpelin seurakunnat liittämällä ne vuoden 2023 alusta osaksi Alajärven seurakuntaa, samalla myös Lehtimäen kappeliseurakunta lakkautettiin.[6]
