Batmanin (2004) 3. tuotantokausi alkoi Yhdysvalloissa17. syyskuuta2005 jaksolla Batgirl Begins, Part One, joka tunnetaan Suomessa nimellä Lepakkotytön synty, osa 1. 3. kausi käsittää kolmetoista jaksoa. Yhdysvalloissa kolmannen kauden esitys päättyi 13. toukokuuta2006.
Laboratorio-onnettomuuden seurauksena Pamela huomaa voivansa hallita kasvikuntaa. Tämän seurauksena hänestä tulee Myrkkymuratti ja alkaa käyttää voimiaan kasvien puolesta tuhoamalla ihmiskuntaa.
Batman lähettää Vatsastapuhujan ja Arpinaaman Arkhamiin tri Oudon hoitoon. Outo erottaa Arnold Weskerin nukestaan terapiahoidon päätteeksi, mutta onko Wesker todella parantunut persoonallisuushäiriöstään?
Välikohtaus Pingviinin kanssa vie Bruce Waynen muistin. Alfred saa tehdä kaikkensa, jotta Bruce muistaisi taas olevansa Batman. Samalla Lepakkotyttö epäilee Batmanin ja Bruce Waynen olevan sama henkilö.
Jokerilla on hallussaan Banen laite, joka tekee hänestä valtavan lihaskimpun. Hän keskittää kaikki voimansa Batmanin tuhoamiseen, joka saa avukseen Lepakkotytön.
Pormestari Grange kampanjoi vihreän Gothamin puolesta saatuaan edellispäivänä epäilyttäviä kukkia, ja kaupungin asukkaat alkavat myös käyttäytyä oudosti. Jopa Gothamin poliisivoimat käyttäytyvät oudosti.
Jokeri on kateellinen Batmanille, kun tällä on apurina Lepakkotyttö. Hän päättää hankkia oman apulaisen ja löytää pojan, joka sattuu olemaan Lepakkotytön kanssa samalla luokalla. Jokeri yrittää tehdä pojasta luokkapelleä paremman.
Hugo Outo esittelee uuden tekoälyisen tietokoneen nimeltä D.A.V.E., joka on suunniteltu auttamaan Gothamin poliiseja vangitsemaan rikolliset, mutta tilanne muuttuu päin vastaiseksi, kun D.A.V.E. ryhtyykin rikolliseksi ja lähtee jahtaamaan Batmania.