Krang ja Silppuri kuulevat uutisista sääraketista, jonka laserilla he voivat vapauttaa Technodromen jäistä. Turtlesien harhauttamiseksi Krang kutsuu X-ulottuvuudesta kenraali Traagin, jonka kivetinase ja kiviarmeija aiheuttavat Turtleseille kivenkovan vastuksen. Turtlesit puolestaan pyrkivät oppimaan uuden wu wei-puolustusliikkeen.
Turtlesien kiusaksi Michelangelo on jäänyt koukkuun videopeleihin. Technodromessa Krang korjailee androidikehoaan, kunnes se sekoaa vääristä osista ja karkaa New Yorkin kaduille Turtlesien päänvaivaksi.
On halloween ja Turtlesit osallistuvat Kanava 6:n juhliin. Juhlien jälkeen Irma altistuu magnetointilaitteen säteille ja saa supervoimia. Silppuri ja Krang puolestaan pyrkivät varastamaan kyseisen laitteen, jotta he kykenisivät hallitsemaan metalliesineitä sekä lisäämään Technodromen tehokkuutta.
Nälänhätäuutisen kannustamana Donatello kehittää laitteen, jolla vanhat ruoantähteet voidaan muuntaa takaisin tuoreiksi. Valitettavasti Michelangelon virhe muuttaa tämän veljet takaisin pieniksi kilpikonniksi. Silppuri ja kätyrit ryöstävät samaan aikaan säähavaintopalloja ja heliumia laatiakseen katalan suunnitelman kaupungin muille rikollisille.
Japanin suurlähetystön näyttelyssä on esillä erikoislaatuinen Yurikawan miekka, jonka ryöstää salaperäinen ninja. Myös Silppuri ja arvoesineitä keräävä miljonääri Lafayette La Drone ovat kiinnostuneet miekasta. Krang puolestaan yrittää aiheuttaa onnettomuuden, jonka avulla hän saisi luotua mutamutantteja. Turtlesien on estettävä Krangin juonet ja palautettava Yurikawan miekka takaisin lähetystöön.
Turtlesien turleoidiystävä Kerma on paennut Maahan, koska häntä jahtaa tietokonevirheen saanut tuhoajarobotti. Turtlesit joutuvat Kerman lisäksi suojelemaan uusinta tieteellistä keksintöä Iso-Louien rosvoilta.
April on saamassa paremmat työsuhde-etuudet, kun Kanava 6 rakentaa lisärakennusta. Sillä välin Krang ja Silppuri ovat juonimassa uusia konnuuksia, kunnes heidät yllättäen keskeyttää galaksienvälinen lainsuojaton Shreeka, joka haluaa kadonneen mahtisormuksensa takaisin. Valitettavasti sormus päätyy Aprilille syntymäpäivälahjaksi ja Turtlesien on suojeltava häntä Shreekalta.
Donatello on huolissaan muuttuneista sääolosuhteista, jotka johtuvat Vernonin veljenpojan Fosterin keksinnöstä. Fosterin keksintö kuitenkin varastetaan ja Turtlesien on yhdessä Fosterin kanssa pysäytettävä Maan ajautuminen kohti Aurinkoa.
Donatello on kehittänyt laitteen, jolla henkilö voi elää unelmissaan. Valitettavasti laite menee epäkuntoon ja luo Hyypiö-Eddie (engl.Creepy Eddie) nimisen uniolennon, joka alkaa terrorisoida Turtleseja. Eddien ensimmäiseksi uhriksi joutuu unimaailmassa oleva Michelangelo. Turtlesien on estettävä Eddien pääsy oikeaan maailmaan.
Hyypiö-Eddie on parodia Freddy Krueger-kauhuelokuvahirviöstä.
Kaupungin viemäreissä liikkuu salaperäinen viittamies, joka kutsuu itseään "Viemäreiden kummitukseksi". Kummitus on tehnyt useita vierailuja Rufus Higbyn omistamaan pitseriateatteriin ja Higby kiistää niistä huolimatta kummituksen olemassaolon. Turtlesien on selvitettävä, miksi kummitus vainoaa Higbyä.
Donatello on masentunut, kun jälleen yksi hänen keksinnöistään epäonnistuu. Turtlesien päivää pahentaa keksinnön lisäksi myös ilkeän Slash-mutanttikilpikonnan paluu Maahan ja joka yllättäen paljastuu aikaisempaa älykkäämmäksi ja kierommaksi vastustajaksi. Slashin tavoitteena on kaupungin herruus ja ihmisten mutatoiminen kilpikonna-alamaisiksi.
Leonardo lähtee etsimään hätäkutsun lähettänyttä henkilöä ja Turtlesit luulevat tämän kadonneen. Krang ja Silppuri yrittävät varastaa energialähteen Technodromen vapauttamista varten sekä aiheuttaa Maahan massiivisen ilmastonmuutoksen. Samalla he naamioivat Bebopin Leonardoksi pilatakseen Turtlesien maineen.
Kaupungin eläinliikkeisiin on murtauduttu, joista varas on ryöstänyt käärmeitä. Turtlesien rikostutkintoja haittaa tieto siitä, että Leonardo pelkää käärmeitä. Leonardon pelkotilaa lisää entisestään varkaan paljastuminen käärmemutantiksi.
Michelangelo on hankkinut lemmikikseen papukaijan. Kanava 6:lla puolestaan ollaan valmiina laatimaan reportaasia rikospomo Mugsy MacGuffinista, joka on ryöstänyt arvokkaan rubiinin ja kätkenyt avaimen papukaijaan. Turtlesien on suojeltava Michelangelon uutta lemmikkiä ja löydettävä kadonnut rubiini.
Rafaellolla on syntymäpäivä ja tämän veljet suunnittelevat juhlia. Valitettavasti Rafaello itse on kiukkuisella tuulella ja hän vahingossa altistuu Donatellon mielenmuokkaussäteille muuttuen mukavaksi hepuksi. Mukavuus alkaa kuitenkin näkyä rikostentorjunnassa ja Turtlesit vievät Rafaellon psykiatri Otto von Kallonkutistajan (engl.Otto von Shrink). Hoitamisen sijasta von Kallonkutistaja haluaakin Donatellon laitteen haltuunsa rikollisiin toimiinsa.
Turtlesien tv-ilta katkeaa uutiseen huippusalaisten aseiden ryöstöstä. Estääkseen professori von Voltin tuomiopäivän koneeksi kutsutun laitteen rakentamisen Turtlesit pyytävät avukseen yksityisetsivänä toimivan Aprilin Agatha-tädin.
