Mestari Tikku on huolissaan Silppurin mahdollisesta iskusta. Sillä välin Technodromessa Silppuri ja Krang pyrkivät korjaamaan tehohäviöitä kaupungista saatavalla medilaserilla. Turtlesit päättävät viettää iltaa kaupungilla, minkä seurauksena Tikku loukkaantuu taistelussa Silppuria vastaan. Turtlesien on löydettävä medilaser ja pelastettava senseinsä.
Trial-televisio-ohjelman juontaja lietsoo ihmisten keskuudessa Turtles-vihaa. Technodromessa Krang päättää ottaa ohjat omiin käsiinsä ja tuhota Turtlesit lopullisesti. Turtlesien on puolestaan vihollisten päihittämisen ohessa päästävä esiintymiskammostaan ennen tv-esiintymistään.
On Irman syntymäpäivä ja Turtlesit järjestävät tälle juhlia. Silppuri varastaa harvinaista ainetta sisältävän meteoriitin suurennussädelaitetta varten. Valitettavasti Irma altistuu säteelle ja hänestä kasvaa jättiläinen. Jakson nimi on parodia elokuvalle Attack of the 50-Foot Woman.
Kaupungin pankkeihin ja jalokivikauppoihin iskee omituinen rikosaalto, kun mafian jäsenet käyttävät muukalaisaseita ryöstökeikoillaan. Turtlesien on selvitettävä aseiden alkuperä sekä pysäytettävä rikollisjoukkio. Jakson nimi on parodia elokuvalle Maltan haukka.
Silppuri aiheuttaa kaaosta kaupungilla antigravitaatiolaitteella, joka saa esineet ja asukkaat levitoimaan/takertumaan paikoilleen. Turtlesien on pysäytettävä Silppuri ja palautettava Maan gravitaatio normaaliksi.
Mestari Tikku ja Silppuri altistuvat teknisen koelaitteiston säteille, joiden seurauksena he vaihtavat kehojaan keskenään. Pystyvätkö Turtlesit tunnistamaan rakkaan senseinsä huijarista?
Kaupunkiin iskee selittämättömän hiostava helleaalto. Kanava 6:lla puolestaan johtaja Thompson saa tarpeekseen uutisraporttien vajaavuudesta ja päättää itse ottaa selvää Turtleseista Vernonin kanssa. Tarinankeruuretken ohella he kokevat yllättäviä käänteitä.
Turtlesien yllätykseksi heillä on vihaajien lisäksi myös faneja, kun nuori poika Zach haluaa liittyä Turtleseihin. Silppuri puolestaan yrittää palauttaa Technodromen maan päälle harvinaisilla avaruudesta pudonneilla kristalleilla.
New Yorkin kaduille on ilmestynyt erikoinen rottaongelma, jota April O'Neill alkaa selvittää. Valitettavasti rottaongelman takana olevalla Rottakuninkaalla on suurempi kohde, Mestari Tikku.
Keskelle New Yorkin katuja ilmestyy onkalosta muinainen dinosaurus, jota Turtlesit seuraavat maankuoren alle. Siellä he kohtaavat arkkivihollisensa Silppurin, joka on jättikristallin ryöstöretkellä.
Malakurian hallitsija on saapunut New Yorkiin valtiovierailulle tyttärensä kanssa. Mukanaan hänellä on myös arvokas jalokivimineraali, jonka Silppuri ja Krang haluavat itselleen. Aprilin yllätykseksi prinsessa on kuin hänen kaksoisolentonsa.
Maahan saapuu toisesta ulottuvuudesta rauhaa rakastava taistelurobotti nimeltään MACC, jonka Silppuri ja Krang haluavat omalle puolelleen vaikka väkisin. Turtlesien on estettävä Silppurin juonet ja pelastettava uusi ystävänsä.
Harvinaista avaruusmetallia oleva samuraimiekka kiinnostaa Silppuria ja Krangia sen ulottuvuusportteja avaavien ominaisuuksien vuoksi. Turtlesien on estettävä miekan joutuminen vääriin käsiin sekä pelastettava Mestari Tikku.
Krangin suunnitelmana on huuhtoa New Yorkin viemärit ja samalla tulvan mukana sen asukit Turtlesit. Sillä välin Kanava 6:n henkilökunta juhlistaa pääjohtaja Thompsonin syntymäpäiviä, kunnes he kokevat kostean merityylisen yllätyksen.
Leonardo alkaa epäillä johtamistaitojaan, minkä vuoksi Turtlesit ovat vailla johtajaa. Silppuri ja Krang varastavat Auringon energiaa kylmentäen samalla New Yorkin ilmastoa.
New Yorkissa on käynnissä Mardi Gras-juhlat. Krang ja Silppuri yrittävät muiden juhliessa ryöstää arvokkaan brasiliantimantin, jolla Krang voisi valmistaa superaseita. Taistelun aikana Leonardo lyö päänsä ja luulee olevansa muskettisoturi.
Silppuri ottaa hallintaansa kaupungin automatisoidun jätteidenkäsittelylaitoksen ja ohjelmoi sen metsästämään Turtleseja. Valitettavasti kone kaappaa myös muita kilpikonnia, jotka Turtlesien täytyy pelastaa.
Michelangelo kärsii ylensyönnistä, minkä seurauksena Mestari Tikku käyttää häneen muinaista mielenhallintaa. Silppuri sen sijaan pyrkii hologrammien avulla maailmanvalloitukseen, kunnes saa itse laitteen säteestä osuman ja luulee olevansa Michelangelo.
April on vuosijuhlapäivästään huolimatta huolissaan työpaikastaan. Silppuri yrittää varastaa yliopiston energialähteen, mutta muukalaiset kaappaavat kesken kaiken Rocksteadyn. Myös Donatello joutuu muukalaisten kidnappaamaksi.
Maahan saapuu Polarisoid-muukalainen, joka ottaa mukaansa pysyviä matkamuistoja kamerallaan lomansa aikana. Silppurilla puolestaan on omat konnuutensa muukalaisen kameraa varten.
Krangin uuteen ilkeään juoneen kuuluu lemmenrohdon valmistaminen, jolla Turtlesit rakastuvat Irmaan ja unohtavat sankarin roolinsa. Sillä välin Silppuri aikoo ryöstää ydinsukellusveneen energialähteen.
Turtlesien ohella rikollisuuden vastaiseen taisteluun on liittynyt Casey Jones -niminen ihminen, jonka toimintatavat osoittautuvat väkivaltaisiksi. SIllä välin Silppuri ja Krang suunnittelevat kaupungin laitteiden sabotointia robottiötököillä.
Silppuri ja Krang yrittävät varastaa junalastillisen mutageenikemikaalin ainesosia, mutta Bebopin ja Rocksteadyn aiheuttaman onnettomuuden seurauksena lehmälaumasta muodostuu sarvekas eläinmutantti. Turtlesien on jälleen korjattava tilanne ja pysäytettävä Silppuri.
Kaupungilla tapahtuu kummallisia asioita, kun liikemiespukuiset henkilöt ryöstävät ja kidnappaavat ihmisiä. Ovatko he muukalaisia vai tavallisia roistoja? Tämän Turtlesien täytyy selvittää.
Michelangelo on rahahuolissa ja tarvitsee työpaikan. Onneksi hänelle tarjotaan pizzalähetin hommia, kunnes hänelle selviää kuka työnantaja oikeasti on.
Silppuri yrittää asentaa mielenhallintalaitteen Kanava 6:n katolle. Toistuvien epäonnistumisten seurauksena Krang rakentaa Rocksteadya ja Bebopia muistuttavat robotit, jotka ovat alkuperäisiä julmempia apureita. Pystyvätkö Turtlesit pysäyttämään Silppurin ennen kuin tämä saa kaupungin asukkaat valtaansa?
Kaupungin yllä on täysikuu ja Kanava 6 laatii ohjelmia romantiikankipeille ihmisille. Krang palkkaa apulaisekseen vaarallisen Lotus -nimisen ninjan, jonka tehtävänä on Turtlesien nitistäminen. Taistelujen aikana Leonardo kuitenkin ihastuu uuteen vastustajaansa.
Silppuri aikoo ottaa haltuunsa muinaiset ninjataiat herättämällä Jalkaklaanin esi-isän Shibano Osaman. Mestari Tikku menettää muistinsa ja Turtlesien on pakko auttaa häntä saamaan muistinsa takaisin ennen kuin on liian myöhäistä.
Floridan suoalueille vuotanut mutageenijäte mutatoi Nahkapää -nimisen alligaattorin ihmisgaattoriksi, joka ottaa mutanttisammakot orjikseen. Turtlesien on pysäytettävä julma mutantti ja estettävä tämän liittouma Silppurin kanssa.
On Michelangelon syntymäpäivä ja muut Turtlesit päättävät yllättää tämän teeskentelemällä tietämättömiä juhlapäivästä. Valitettavasti Silppurin konnuudet estävät yllätysjuhlat.
Donatello on kehittänyt oman ulottuvuuksien välisen portin, josta pääsee lävitse Turtlesien maailmaan ninjataitoja osaava samuraijänis Usagi Yojimbo. Silppuri herättää henkiin mystisen lohikäärmeolennon munastaan.
Silppurin juonen tarkoituksena on Usagi Yojimbon saaminen työskentelemään hänelle kidnappaamalla Usagin isännän. Sillä välin Donatello etsii toivottomana ulottuvuusportin avulla Usagin kotia.
Turtleseilla on kilpikonnarokko, joka heikentää heidän vointiaan. Silppuri ja Krang kehittävät Turtlesien päänmenoksi kilpikonnarobotti Metalheadin, jonka tehtävänä on Turtlesien metsästäminen.
Nahkapää matkustaa New Yorkiin kostamaan Turtleseille kokemansa tappion. Hän kohtaa viemäreissä Rottakuninkaan, joka suunnittelee omia konnuuksiaan kaupungin asukkaille. Turtlesit sen sijaan keskittyvät ylläpitämään ninjamaista taisteluvalmiuttaan järjestämällä keskenään ryhmätaisteluita kaatopaikalla.
Silppuri ja Krang rakentavat Irman näköisen kilpikonnatuhoajan, jonka tehtävänä on Turtlesien nitistäminen. Koko Kanava 6:n henkilökunta on vaarassa yli-innokkaan ja ahkeran "Irman" vuoksi.
Michelangelo on innostunut taikatempuista ja Turtlesit päättävät seurata taikuri Boldinin esitystä museossa. Yllättäen taikatempussa käytetty harvinainen museon jalokivi katoaa ja Turtlesien on löydettävä sen ryöstäneet roistot.
Turtlesit kertovat ystävälleen Zachille ja tämän veljelle kartasta, joka johtaa heidän viemärin piilopaikkaansa. Zachin veli ryöstää kartan, joka päätyy Silppurin käsiin, minkä seurauksena Turtlesien piilopaikka ja Mestari Tikun Jalkaklaania koskevat asiakirjat ovat vaarassa.
Silppurin katalana juonena on muuttaa Turtlesit heikoiksi ihmisiksi. Michelangelo syö yhden Silppurin antimutageeniä sisältävän suklaakeksin ja muuttuu ihmisteiniksi. Turtlesien on pysäytettävä Krangin ja Silppurin aikeet ryöstää huipputekniikkaa mukanaan kuljettava tavaralaiva.
New Yorkin keskustaan ilmestyy portti X-ulottuvuuteen, josta tulee ulos karvainen Grybyx-niminen muukalaisolento. Turtlesit huomaavat, että oliolla on yliluonnollisia kykyjä, jotka Krang haluaa valjastaa omaan käyttöönsä. Grybyx-hahmo on parodia Gremlins -elokuville.
Krangin juonena on erikoispolttoaineen hankkiminen Z-ulottuvuudesta. Valitettavasti kyseisestä ulottuvuudesta livahtaa ulos Mr. Ogg-niminen olento, joka aiheuttaa kaaosta Silppurille sekä Turtleseille. Mr. Oggin ulkonäkö ja puhetyyli perustuvat Paul Reubensin esittämään hahmoon Pee Wee Hermaniin.
Turtlesien mieli on alamaissa, koska heidän mielestään maailma olisi parempi paikka ilman heitä. Samana iltana Turtlesit heräävät uniltaan ja näkevät tuhotun New Yorkin, jota Silppuri hallitsee eikä heistä ole edes ikinä kuultukaan. Mistä oikein on kysymys?
Arkeologit löytävät muinaisen temppelin, joka saa Turtlesit huolestuneiksi kotinsa salaisuuden paljastumisesta. Sillä välin Baxter Stockman ystävystyy temppelin tietokoneen kanssa, joka auttaa tätä kostamaan sekä Turtleseille että Silppurille.
Technodrome on energiapulassa ja Silppurin on hankittava energiaa ydinvoimaloista sekä tutkimuslaboratorioista. Takaakseen ryöstön onnistumisen, hän sabotoi Fort Charlesin tutkimuskeskuksen tietokonejärjestelmän, jolloin April jää jumiin tutkimuskeskukseen. Turtlesien täytyy jälleen pelastaa hänet ja korjata tietokonejärjestelmä.
Turtlesien huolet kasvavat entisestään, kun Krang saa hankittua X-ulottuvuudesta avaruusaluksen, joka kutistaa säteillään kaupunkeja. Ehtivätkö Turtlesit ajoissa pelastamaan kaupunkien asukkaat ennen kuin pelastusyritykset jäävät pieniksi?
Silppuri ja Krang iskevät Turtlesien kimppuun täydellä asevarustelulla. Turtlesien on jälleen pysäytettävä Technodromen eteneminen ennen kuin Maa joutuu X-ulottuvuuteen.
