Silppuri palaa Maahan X-ulottuvuudesta, mutta Krang epää tältä apuvoimien saannin. Eräällä kaupungin kuntosaleista Silppuri kohtaa rikollisjengin, jonka hän palkkaa esittämään Turtleseja lavastaakseen nämä erilaisiin rikoksiin. Turtlesien on noustava jälleen ihmisten ilmoille puhdistaakseen maineensa.
Maapallolle laskeutuu avaruusalus, jonka matkustamosta Turtlesit löytävät avaruusolion. Muukalainen kertoo avaruusaluksesta pudonneen erilaisia mystisiä esineitä, minkä vuoksi Turtlesien on riennettävä etsimään puuttuvia palasia. Valitettavasti Silppuri etsii myös kyseisiä osia ja löytää niistä ensimmäisen osan, jolla hän kutistaa Turtlesit pienikokoisiksi. Koostaan huolimatta Turtlesien on pelastettava Maa jälleen Silppurin ja Krangin konnuuksilta.
Silppuri saa uudelleen käsiinsä Baxter Stockmanin kadottaman osan muukalaisesineistä, jolla hän kykenee tällä kertaa hallitsemaan kasvustoa ja lähettää Turtlesien kimppuun kasvillisen yllätyksen.
Silppuri saa käsiinsä muukalaisesineiden toisen osan, jolla hän saa hallintaansa tietokoneen, joka kykenee saamaan kaikki kaupungin laitteet kaaokseen.
Silppuri saa käsiinsä kolmannen eli viimeisen puuttuvan osan, josta hän rakentaa kypäräänsä salaisen aseen. Valitettavasti kypärä vaihtaa omistajaa kohtalokkain seurauksin.
Silppurilla on pirullinen juoni Turtlesien päänmenoksi, kun hän lisää arpajaispizzoihin Krangilta saatuja alieneita muistuttavien muukalaisten munia. Valitettavasti pizzat päätyvät vääriin osoitteisiin ja seurauksena on Turtlesien rientäminen apuun jälleen kerran.
Silppuri on kyllästynyt Baxter Stockmanin toilailuihin ja päättää pyytää Krangilta vaihtokauppana Rocksteadya ja Bebopia Baxterin tilalle. Baxter joutuu X-ulottuvuuteen Krangin vangiksi, mutta pakenee sieltä mutatoituneena ihmiskärpäseksi, jonka ainoana tavoitteena on kostaa sekä Silppurille että Turtleseille.
Silppuri tilaa Krangilta X-ulottuvuudesta kanisterillisen mutageenia saadakseen lisää mutantteja, mutta ionimyrskyn seurauksena kanisteri päätyykin Floridan suoalueelle, jossa sille altistuu neljä sammakkoa. Kanisterin rikkoutumisesta huolimatta Silppuri päättää kouluttaa sammakoista oman iskujoukkonsa.
Donatello onnistuu valmistamaan vanhasta mutageenijätöksestä pienen määrän uutta kemikaalia, jolla mestari Tikku muuttuu takaisin ihmiseksi. Sillä välin Silppuri etsii loitsukirjaa, jolla saisi avattua portin X-ulottuvuuteen ja palautettua Technodromen takaisin Maahan.
Silppuri varastaa salaisia tietoja robottipoliiseista ja valmistaa sarjatuotantona oman armeijansa niistä. Sillä välin April ja Turtlesit ystävystyvät alkuperäisen robottipoliisin kanssa. Rauha kuitenkin rikkoontuu, kun Silppurin armeija aiheuttaa sekasortoa kaupungilla.
Neutriinot palaavat X-ulottuvuudesta Maahan ja heillä on tärkeä viesti Turtleseille, koska Krang ja Silppuri juonittelevat Turtlesien aivopesua sekä neutriinojen liitoauton varastamista.
Silppuri ja Krang onnistuvat palauttamaan Technodromen takaisin Maahan, mikä on Turtleseille huono uutinen. Jälleen kerran Turtlesien on mestari Tikun avustamana valmistauduttava suureen taisteluun sekä pysäytettävä Technodromen eteneminen.
