Naisten Superpesiksen kausi 2009 oli Naisten Superpesiksen 20. kausi. Naisten sarjaan osallistui 12 joukkuetta. Kausi alkoi 13. toukokuuta, ja Suomen mestarit olivat selvillä 19. syyskuuta. Hallitsevana mestarina kauteen läksi JyväskylänKirittäret. Vuoden 2009 Suomen mestareiksi kruunattiin jälleen Jyväskylän Kirittäret, joka voitti jo viidennen perättäisen mestaruutensa. Hopeamitalit jaettiin Lapuan Virkiälle ja pronssit Porin Pesäkarhuille.
Runkosarjassa pisteitä jaetaan seuraavasti: 2–0-voitosta saa kolme pistettä ja 1–0-voitosta kaksi. Jos ottelu on kahden jakson jälkeen tasan (0–0 tai 1–1), molemmat joukkueet saavat yhden pisteen. Tällöin ottelun voittaja ja ylimääräisen (siis toisen) sarjapisteen saava joukkue ratkaistaan supervuorossa tai tämän jälkeen kotiutuslyöntikilpailulla.
Runkosarjassa tasapisteissä olevien joukkueiden keskinäisen paremmuuden ratkaisee kolmen pisteen voittojen (eli 2–0-voittojen) määrä, niiden ollessa tasan kaikkien voittojen määrä ja tämän jälkeen tehtyjen ja annettujen juoksujen ero. Jos edelleen ollaan tasatilanteessa ratkaisee keskinäisten ottelujen voitot, tämän jälkeen keskinäisten ottelujen pisteet ja lopulta keskinäisten ottelujen juoksuero.
Runkosarjan jälkeen kahdeksan parasta pääsivät pudotuspeleihin. Puolivälierät, välierät ja loppuottelut pelattiin paras viidestä -järjestelmällä. Pronssimitalit ratkesivat paras kolmesta -järjestelmällä.
Runkosarjassa sijoille 9–12 sijoittuneet pelasivat karsintaottelut (otteluparit: 9–12 ja 10–11) paras viidestä -järjestelmällä. Näiden ottelujen voittajat säilyivät Superpesiksessä. Häviäjät pelasivat paras viidestä -järjestelmällä varsinaisen karsinnan, jonka hävinnyt putosi Ykköspesikseen kaudelle 2010. Ykköspesiksen voittanut joukkue nousi suoraan Superpesikseen kaudelle 2010.