Major League Baseball -kausi 1890 käsitti kolme erillistä liigaa. Vuodesta 1876 toiminut National League, 1882 aloittanut American Association ja ainoan kautensa historiassa pelannut Players League. Players Leaguen perusti Brotherhood of Professional Base-Ball Players, urheilun ensimmäinen pelaajien liitto. New York Giantsilla oli joukkueet sekä National Leaguessa että Players Leaguessa. Kauden päätteeksi NL:n ja AA:n mestarit kohtasivat seitsemän ottelun sarjassa, jossa voitot tasattiin 3–3 yhden ottelun jäätyä ratkaisemattomaksi. Players Leaguen voittajaa vastaan eivät muut liigamestarit pelanneet. Seuraavalle kaudelle PL:n pelaajat palasivat takaisin alkuperäisiin joukkueisiinsa. Brooklyn Bridegroomsista tuli ensimmäinen joukkue, joka voitti kahden eri Major Leaguen mestaruuden peräkkäisillä kausilla, AA:n 1889 ja nyt NL. Boston Redsistä tuli heti perään toinen, kun se nyt voitti Players Leaguen ja seuraavalla kaudella AA:n.
American Association -liigassa aloitti Brooklyn Gladiators -joukkue, joka pelasi 100 liigaottelua, viimeisen 25. elokuuta. Tämän jälkeen se korvattiin Baltimore Oriolesin joukkueella, joka oli poistettu liigasta edellisen kauden jälkeen. Orioles pelasi ensimmäisen ottelunsa 27. elokuuta ja kauden loppuun mennessä se ennätti pelata vain 38 ottelua.