Major League Baseball -kausi 1886 käsitti kaksi erillistä liigaa. Vuodesta 1876 toiminut National League ja 1882 aloittanut American Association. Kauden päätteeksi NL:n ja AA:n mestarit kohtasivat kuuden ottelun sarjassa, jossa St. Louis Browns voitti Chicago White Stockingsin 4–2. Tämä jäi ainoaksi kerraksi, kun AA:n mestari pystyi voittoon kyseisessä sarjassa.
Ainoan kautensa NL:ssa pelasi Kansas City Cowboys. Sen paikan seuraavalla kaudella otti AA:sta siirtynyt Pittsburgh Alleghenys. Pittsburghin paikan AA:ssa otti vastaavasti Cleveland Blues. St. Louis Maroons vaihtoi seuraavaksi kaudeksi paikkakuntaa ja esiintyi kaudella 1887 nimellä Indianapolis Hoosiers, jolla nimellä AA:ssa kaudella 1884 oli pelannut aivan eri joukkue.